Menambang Data DNA (*Bagian 1)

Menambang Data DNA (*Bagian 1)

Oleh: Ndaru Anugerah

Beberapa waktu yang lalu, ada netizen yang tanya kepada saya tentang penambangan data DNA. Apa yang dimaksud oleh netizen tersebut?

Sebelum menjawab pertanyaan tersebut, anda harus tahu dulu aoa itu penambangan data.

Secara harafiah, penambangan data adalah pengumpulan data dengan beberapa cara (teknik) yang bertujuan untuk menemukan pola-pola yang belum diketahui pada data yang telah dikumpulkan. (https://www.sas.com/en_us/insights/analytics/data-mining.html)

Dengan aktivitas penambangan data tersebut, pengguna dapat menemukan pengetahuan yang dapat dijadikan database, yang semula tidak mungkin diketahui.

Bayangkan jika anda berhasil mengumpulkan data dan menjadikannya database, apa informasi ‘sangat berharga’ tersebut nggak bisa mendatangkan keuntungan untuk anda?

Nah, penambangan data ini kini makin marak dilakukan untuk kepentingan analisis data, yang dilakukan pada hampir semua bidang seperti audit keuangan, industri hiburan, telekomunikasi hingga industri ritel.

Dan salah satu yang kini banyak disorot adalah penambangan data DNA.

Apa kegunaan DNA data mining tersebut?

Sangat banyak. Salah satu yang paling terkenal adalah ekspresi gen.

Gen adalah bagian dari DNA yang berfungsi menentukan kapan, dimana dan seberapa banyak suatu protein diproduksi. Kelainan pada gen akan berimbas pada ketidakstabilan fungsi protein dan ujung-ujungnya dapat memicu timbulnya penyakit pada seseorang.

Bisa dikatakan bahwa dengan adanya penambangan data DNA, maka kita dapat mengetahui hubungan antara variasi dalam urutan DNA manusia dengan kerentanan terhadap penyakit tertentu. (http://www.whitecapers.com/techniques-in-dna-data-mining.php)

Ini saja akan sangat membantu dalam meningkatkan berbagai tahapan medis seperti: diagnosis penyakit, bagaimana cara mencegahnya hingga upaya pengobatannya.

Anyway, ada banyak metode yang digunakan dalam menambang data DNA.

Anda pernah dengan path analysis method?

Misalnya untuk mengetahui kombinasi gen berbeda yang dapat memicu penyakit, kemudian mereka diaktivasi untuk berbagai tahapan penyakit. Dengan menggunakan cara ini, maka kombinasi gen ‘aneh’ tersebut dapat dihubungkan dengan berbagai tahapan perkembangan penyakit secara otomatis. (http://article.sapub.org/10.5923.j.bioinformatics.20120205.02.html)

Biasanya, semua pusat penelitian medis dan rumah studi genetik, melakukan upaya penambangan tersebut. Namun, karena butuh biaya yang nggak sedikit, biasanya mereka bekerja dengan satu prinsip: Siapa berani bayar, pekerjaan akan dilakukan sesuai ‘pesanan’.

Jadi, penambangan data DNA secara terus menerus dapat dilakukan guna membentuk GenBank. GenBank sendiri adalah database utama dalam bidang biologi molekuler yang punya banyak kegunaan.

Untuk di AS sendiri, GenBank dikelola oleh NCBI alias National Center for Biotechnology Information. (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/)

Terus, NCBI dapat datanya darimana?

Ya dari kontribusi para peneliti biologi molekuler yang ada di seluruh dunia. Jadi mereka mengumpulkan data-data penelitian yang telah dipublikasi melalui jurnal mereka. (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/18073190/)

Data DNA tersebut sangat perlu disimpan, guna mengetahui informasi yang terkandung didalamnya. Kalo nggak dilakukan upaya penyimpanan, maka data tersebut hanya sekedar angka yang kurang ada maknanya.

Dengan metode penambangan data DNA, maka akan diketahui pola-pola unik yang sangat mungkin bisa didapatkan lewat komputasi data. Dan ini nggak mungkin pakai cara manual.

Lalu bagaimana dengan di Indonesia?

Aktivitas penambangan data DNA sudah dilakukan oleh berbagai lembaga penelitian, dari mulai BPPT, LIPI hingga Lembaga Biologi Molekuler Eijkman.

Dan LBM Eijkman salah satu yang terbilang maju dalam mengembangkan aktivitas tersebut.

Kok bisa?

Karena LBM Eijkman sudah lama membangun database kependudukan yang berisi tentang informassi mtDNA dan STR forensic bagi banyak etnis yang ada di Indonesia. Jadi mereka sudah punya database kependudukan orang Indonesia. (http://www.eijkman.go.id/units/dna-forensics/)

Lalu apakah aktivitas penambangan data DNA nggak punya implikasi negatif? Dan siapa yang paling dominan dalam mendanai aktivitas tersebut?

Saya akan bahas pada bagian kedua nanti.

Salam Demokrasi!!

(*Penulis adalah analis Geopolitik dan mantan Aktivis 98)